Membres de l'équipe

Biologie computationnelle

Le groupe de biologie computationnelle aborde les problèmes biologiques à l'aide de méthodes computationnelles, en se concentrant sur les mitochondries en tant qu'organites métaboliques importants et sur l'évolution des systèmes biologiques.

Biologie computationnelle mitochondriale : L’un de nos intérêts de recherche est de comprendre l’hétérogénéité mitochondriale et la diversité de la structure, de la fonction et de la dynamique d’expression à travers différents tissus, mais aussi dans différentes conditions de maladie. Nous utilisons des techniques de big data et d’intégration de big data pour apprendre comment les mitochondries s’adaptent à leur environnement cellulaire. Notre plateforme de visualisation et d’intégration de données mitoXplorer (http://mitoxplorer2.ibdm.univ-mrs.fr) nous aide à utiliser les données omiques pour étudier ce comportement mitochondrial.

Biologie des réseaux: Dans un deuxième projet, nous utilisons des réseaux complexes pour étudier le comportement temporel des systèmes biologiques – surveillé par la dynamique temporelle de l’expression des protéines ou des ARN. A l’aide de ces techniques, nous pouvons également démêler les différentes phases de la dynamique d’expression mitochondriale dans le développement, le vieillissement ou dans la progression des maladies.

Biologie computationnelle évolutive:Nous nous intéressons également à la biologie computationnelle évolutive au niveau des séquences, des cellules et des organismes. Nous avons actuellement plusieurs projets liés à la biologie computationnelle évolutive. Au niveau des séquences, nous étudions l’évolution des motifs linéaires courts dans les protéines (SLiMs) et regardons spécifiquement les motifs prédateurs, ainsi que les motifs mécanosensibles (en collaboration avec l’équipe de Tam Mignot). A un niveau cellulaire, nous examinons l’évolution des épithéliums dans les organismes métazoaires les plus primitifs (éponges d’eau de mer) comme une structure importante pour définir les frontières de l’organisme et des tissus (en collaboration avec André le Bivic et Carole Borchiellini). Au niveau de l’organisme, nous nous intéressons à l’évolution des traits prédateurs chez les bactéries (en collaboration avec le laboratoire de Tam Mignot).

Développement d’outils informatiques pour l’exploration et l’intégration de données biologiques: Notre laboratoire développe des outils conviviaux pour l’analyse générale des données, la fouille de données et l’intégration de données pour la communauté des chercheurs. Découvrez ici ce que sont ces outils et où les trouver.

Vue interactome du serveur web mitoXplorer. Les cercles indiquent les processus mitochondriaux, les gènes bleus et rouges régulés à la hausse et à la baisse dans ces processus ; les lignes indiquent les interactions entre les protéines.

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Alumni

Ils ont contribué à nos activités
Pierrelee Michael
Data Scientist, Capgemini Engineering, Strasbourg, France
Pfeiffer Friedhelm
Retraité
Yeroslaviz Assa
Bio-informaticien de service, MPI de biochimie, Martinsried, Allemagne
Yim Annie
Consultant senior en sciences des données chez Machine Learning Reply, Munich, Allemagne
Prytuliak Roman
Consultant senior chez d-fine, Munich, Allemagne
Sergej Nowoshilow
Scientifique principal chez Boehringer Ingelheim, Vienne, Autriche

Les organismes qui nous financent

Ils soutiennent nos recherches
ARN
Fondation Recherche Medicale
CENTURI

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