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Principes physiques et moléculaires régissant l’organisation du cytosquelette

Notre objectif est de comprendre comment les protéines du cytosquelette coopèrent pour que les cellules exercent des forces ou résistent aux contraintes mécaniques.

Le cytosquelette cellulaire est composé de protéines qui peuvent se polymériser sous forme de tubes ou de filaments. Ces polymères biologiques forment un maillage dense et organisé qui permet aux cellules de résister aux contraintes mécaniques, ou d’exercer des forces par l’action de moteurs moléculaires ou provenant de la réorganisation de ces réseaux. Le cytosquelette est essentiel pour de nombreuses fonctions cellulaires comme la migration ou la division.

Tous les organismes vivants connus possèdent un cytosquelette, et certains polymères comme l’actine et les microtubules sont extrêmement conservés chez les eucaryotes. Chez les mammifères, de nombreuses maladies et notamment certains types de cancers sont liés à des défauts du cytosquelette. Donc, comprendre d’un point de vue fondamental toutes les subtilités de son fonctionnement est essentiel pour expliquer certains comportements cellulaires pathologiques.

L’objectif principal de l’équipe est donc de comprendre comment les polymères du cytosquelette et leurs multiples protéines régulatrices associées fonctionnent ensemble dans la cellule. Pour résoudre ce problème, nous adoptons principalement une approche réductionniste basée sur l’idée que tout processus biologique est bien compris à partir du moment où nous sommes capables de le reconstituer à partir de ses éléments constitutifs les plus élémentaires. Notre travail consiste donc d’abord à identifier des molécules clés par des approches génétiques et de biologie cellulaire. Puis, la purification et l’analyse biochimique de ces composés nous permettent de prédire leurs fonctions au sein de réseaux d’interactions moléculaires complexes. Finalement, nous développons une variété de systèmes biomimétiques pour reproduire et analyser les comportements observés dans la cellule. Ce travail nécessite une forte interdisciplinarité, à la croisée de la biologie, de la chimie et de la physique.

"L'actine et le ballon" : Test de motilité basé sur l'actine ramifiée

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Principes physiques et moléculaires régissant l’organisation du cytosquelette

Mechanics of cell contacts and their remodelling

During tissue formation, cell contacts are remodelled by changes in adhesion forces and cell contractility (Lecuit and Lenne, Nature Rev Mol Cell Bio, 2007). To identify the nature of these forces and the mechanical properties of the contacts, we develop and apply physical methods such as laser nanodissection and optical tweezers micromanipulation (Bambardekar et al, PNAS 2015), which are now becoming widespread in the community. Quantification of cell shape changes induced by laser micromanipulation provides direct measurements of the forces acting at cell contacts, and reveals the viscoelastic properties of the tissue (Clément et al, Current Bio 2017). We have shown, using these methods, the distribution of forces (dependent on the molecular motor Myosin-II) that remodel cell contacts during epithelial morphogenesis (Rauzi, Nature Cell Bio 2008). We have shown the importance of geometry in the application of forces shaping cell contacts (Kale et al, Nature Comm 2018). We have highlighted the central role of viscous dissipation in cell and tissue shape changes (Clément et al, Current Bio 2017). The methods developed in our team, coupled with genetic perturbation and mechanical modeling, also reveal how adhesion molecules quantitatively control cell shapes by coupling to contractile forces (Chan, Shivakumar, eLife 2017).
With these approaches, we continue exploring several aspects of cell contact mechanics including the dynamic interplay of adhesion, biochemical signaling, and actomyosin contractility shapes cell contacts using Drosophila and C. elegans embryos as model systems.

Mechanochemical state changes in multicellular self-organization

The formation of multicellular organisms is based on symmetry breaking and tissue patterning events. Among these, the process of gastrulation transforms an apparently homogeneous group of cells into the outline of an organism with recognisable body axes and tissue layers. Our aim is to understand the organizational principles underlying the process of gastrulation in mammals, using an in vitro system composed of embryonic stem cells, called gastruloid. We have recently shown how differentiation, coupled with a change in the mechanical behavior of cells, generates large-scale flow, which in turn polarizes the multicellular system and defines distinct germ layers (Hashmi et al, eLife 2022). This mechanism is reminiscent of the process that occurs at the primitive streak in the embryo and has the characteristics of a mechanochemical phase transition (Lenne and Trivedi, Nature Comm 2022).

New approaches to tissue morphogenesis

Our team has developed and applied over the years several approaches to study cell dynamics and tissue morphogenesis. Such approaches include mechanical measurements and imaging methods. To probe the mechanics of cells in tissues, we introduced optical tweezers for direct manipulation of cell contacts (Bambardekar, PNAS 2015; Chardès et al, JOVE 2018). We have validated and implemented force inference methods in epithelia from cell and tissue scale (Kong et al, 2019, Code available here). We strive to implement long-term imaging methods, including light sheet and non-linear microscopy,  to image the multicellular choreography and the changes of biochemical states leading to the formation of tissues and organs.