Figure : Dans la lignée germinale, l’ARNm polq-1 complet est produit. Dans les neurones, la transcription du gène ceh-10 induit la production concomitante d’un ARNm polq-1 court.

Au sein du génome, les gènes peuvent parfois se chevaucher. Dans cette étude interdisciplinaire, l’équipe Bertrand, en collaboration avec l’équipe Villoutreix au MMG, a analysé les conséquences d’une configuration génomique remarquable où un gène est niché dans un intron d’un gène hôte en direction opposée. Ils ont tout d’abord étudié l’exemple, chez C. elegans, du gène de spécification neuronale ceh-10 qui est niché au sein du gène de réparation de l’ADN polq-1. En combinant ingénierie du génome par CRISPR et hybridation in situ en molécule unique, ils ont observé que la transcription dans les neurones du gène niché induit l’expression d’une version courte de son gène hôte. Ils ont ensuite étendu cette analyse au sein du génome aux centaines de gènes codant des protéines et présentant cette configuration emboitée. En analysant des données de séquençage ARN en cellule unique qui couvrent l’embryogenèse de C. elegans, ils ont observé que la coexpression entre gène niché et gène hôte est courante et que les gènes nichés ont tendance à induire l’expression de leurs gènes hôtes.

Cette étude illustre comment la présence d’un gène niché peut influencer l’expression de son hôte.

Soulavie F., Couillault C., Melki M., Buyannemekh K., Barrière A., Villoutreix P. and Bertrand V. (2025). Induction of host genes by nested genes during C. elegans development. iScience 28, 113021.